Este Convento de Freiras beneditinas, situado a noroeste, junto ao rio de Thomar foi fundado em 640, juntamente com o Convento de Santa Maria dos Olivais (também este beneditino) por S. Frutuoso, Arcebispo de Braga.
Sabemos que, por descobertas arqueológicas, que os dois conventos, já seriam locais de culto anteriormente, tal como a Igreja paroquial da altura, a de S. Pedro Félix.
O Convento, na altura, tinha uma cerca com o rio, e nas suas margens teria chorões, choupos e salgueiros; tinham também um terreno, onde eram cultivados os alimentos, que abastecia o convento.
No entanto quando a fundação da villa de Thomar por Gualdim Pais, apenas restavam ruínas mudas de toda a margem esquerda do grande rio de Thomar.
No local de tão sagrado culto, existiu uma confraria de Santa Iria, antes de 1336, quando Martim domingos, morador da Portela de S. Pedro de Tomar), lhe deixou metade das suas casas nas cortelhas, e que em 1467, se fundou um recolhimento de religiosas por obra de D. Mésia Vaz Queiróz, que levou consigo as suas três filhas, depois da morte do seu marido. Em 1523, por vontade da sua última filha aí recolhida, mandou construir a capela (a capela-mor, e talvez a Igreja), para sua sepultura e dos seus descendentes, conforme a lapide no local.
Em 1531 deu-se um forte abismo e muitas das estruturas desabaram, e foram reedificadas nos anos seguintes. O portal da Igreja é renascentista e está datado de 1536, bem como a janela, onde alguns vêem a mão de João de Castilho.
O século XVI foi muito crítico para a gentes de Thomar e suas terras, pois sofreram vários sismos de grande intensidade, 1531, 1551, 1575, em 1550, ocorreram uma grande cheia que deitou abaixo 6 casas térreas que tinham para despejo do mosteiro, caiu também a cerca de banda do adro e caiu quase toda a cerca da banda do rio.
No ano de 1550 foi fundada a Capela dos Vales, cujo brasão de armas figuram no altar e no frontão sobre o arco da capela.
A totalidade do alçado desde o altar de s. Francisco até aos pés da nave são contemporâneos, tendo sido a parede dilatada em espessura de forma a conter o dito altar, e incluindo nela o portal e a janela que, transladados passaram a fazer parte da nova fachada, acresce a isto a mudança do púlpito levada a cabo em 1610, para o lado norte da nave, junto à entrada, não se poderia ter efectuado sem produzir graves alterações na parede e no portal, pela sobrecarga que representa, assim como nos azulejos, que não apresentou sinais de afectação, pelo que provavelmente tudo terá sido realizado na mesma empreitada, conforme as inscrições na capela mor.
Outro factor a ter em conta para a modificação da volumetria do convento é o factor de que no século XVI o nº de monjas e pessoal auxiliar aumentou de 15/16 para em 1654 80 pessoas. Nesta altura o convento teve várias ajudas de reis e papas.
Outro ponto a destacar também é o facto de Felipe II em 1616 fundou um Convento de Carmelitas descalços em Thomar. Nessa altura Thomar tinha uma enorme quantidade de capelas, ermidas e Igrejas…
Da primitiva construção do mosteiro, terão subsistido entre outro, o lanço final da parede compreendido entre a capela-mor e o altar da capela de S. Francisco, situada no alinhamento da dos vales; se a primitiva cobertura da nave terá sido em abobadada não sabemos, mas o seu uso era corrente nessa época, e a capela mor e a dos vales provam-no, assim como a verga da porta de acesso à sacristia, de recorte gótico-manuelino, traduz o refinamento do pormenor decorativo.
Em 1615 constituía o prédio do convento e a sua cerca, a propriedade que partia do norte com a Rua Larga de S. Braz, a poente com o Rio de Thomar, a sul com a horta de El-Rey e a propriedade da comenda de Cem Soldos, e a nascente com caminho publico para Santa Maria dos Olivais. A nascente incluía também outra morada com o seu quintal que pegava com as outras casas através do “Arco das Freiras”.
No convento o claustro é só de um andar, cujos lados são arcarias de volta redonda, levantadas em simples e baixas colunas toscanas. Era neste claustro a entrada para o célebre pego, lugar de veneração que os tempos perpetuaram como tendo sido o do martírio de Santa Iria. Aquando da construção do convento tiveram de cobri-lo com uma abobada, para que não fosse levada pelas cheias. Na parte de cima na esquina da parede do convento foi colocado num nicho, uma imagem da Santa para que todos os que passassem na ponte reconhecessem o sitio do seu martírio.
*Pedra gravada no cunhal do convento de Santa Iria, pensa-se que seje visigoda, faz referência aos bons campos que eram banhados pelos Nabão
